بنظر مي‌رسد كه جواني و روح لطيف ملاصدرا از يكطرف و مقتضاي صلاح و عفاف عرفاني و حكمي او از طرف ديگر او را در وضعي قرارداد كه نه جاي جدال و مقابله مي‌گذاشت و نه توان تحمل را، ازاينرو وي باقتفاء به اميرالمؤمنين(عليه السلام) و اقتباس از كلام مولي المتقين در خطبه وي مي‌گويد: «در انديشه شدم كه دست از آستين دفاع برآرم يا صبر پيشه سازم. بردباري در پيش گرفتم كه ديدم عاقلانه تر است درحاليكه خار در چشم و گرهي در گلو داشتم و بدينسان دست از آستين مقابله بمثل با معارضان درنياوردم».

«فرأيت أن الصبر علي هاتا أحجي، فصبرت وفي العين قذي وفي الحلق شجي...».[15]

ملاصدرا چون راهي جز ترك شهر و وطن و درس و مباحثه نمي‌ديد، رخت بسوي قم كشيد كه همواره مأمن و پناهگاه مؤمنان بوده است و از آنجا به روستاي كَهَك نزديك قم رفته و سالها در انزوا بعبادت و روزه و نماز و رياضت و تفكر و تأمل گذراند و همين سبب شد كه مقامات و منازل سلوك عرفاني و روحاني را با شتاب بيشتري بگذراند و از اقران و اسلاف خود پيشي بگيرد. و شايد بتوان گفت سودمندترين و بهترين ايام عمر او ـ  عليرغم تلخيهاي موقت ـ همين ايام پرثمر بوده است.

ملاصدرا پس از يكدوره سنگين رياضت در انزوا كه خود آنرا «زماناً مديداً و أمداً بعيداً»[16] تعبير مي‌كند و ترك مراوده و تأليف و تدريس و عروج به معارج اعلاي معرفت و شهود و طي اسفار سلوك «افاضه انوار ملكوت و اضواء احديّت و اطلاع بر اسراري پنهاني...»، بنابر گفته او در مقدّمه اسفار، دستور بازگشت «إلي الخلق» را مي‌يابد و الهام ربوبي او را به سيراب سازي لب تشنگان معارف حقيقي مي‌خواند و ازاينرو دست به قلم مي‌برد و به تأليف اسفار و كتب ديگرش مي‌پردازد